S02E01 — Nouvelle donne

L'agent rebelle Nikita a réussi à convaincre Michael, son ancien supérieur, de la rejoindre dans la lutte contre la Division, l'agence dont elle s'est échappée. Tous deux sont à présent en possession d'une des boîtes noires de Percy, qui contient des informations sur d'anciennes missions de la Division. Amanda, qui est désormais à la tête de la Division, est prête à tout pour mettre la main sur la boîte noire. Pour y parvenir, elle fait appel à Alex et à Sean, un nouvel agent. Celui-ci est aussi chargé de garder un oeil sur Alex car, si la jeune fille ne travaille plus main dans la main avec Nikita, son seul but est de retrouver l'homme qui a fait assassiner sa famille...